学校现有1个国家级人文社科重点研究基地（国家革命文物协同研究中心），1个国家工程技术研究中心（国家单糖化学合成工程技术研究中心），1个国家地方联合工程实验室（分子筛膜材料国家地方联合工程实验室），1个国家淡水鱼加工技术研发专业中心，1个国家大学科技园，2个国际科技合作基地（无机膜材料国家国际科技合作基地、网络化支撑软件国家国际科技合作基地），2个教育部重点实验室（鄱阳湖湿地与流域教育部重点实验室、氟硅能源材料与化学教育部重点实验室），1个国家体育总局重点实验室（水上项目训练监控与干预重点实验室），1个教育部国别和区域研究中心（马达加斯加研究中心），1个外交部国别和区域研究中心（中日韩合作研究中心），1个全国高校辅导员发展研究中心，1个国家级科技服务平台（高校学生科技创业实习基地），6个省“2011协同创新中心”，3个省高校高水平创新平台立项建设项目（1个实验室和2个工程研究中心），1个省应用数学中心，12个省级重点实验室，4个省级工程技术研究中心，3个江西省产学研合作示范培育基地，4个省工程实验室，7个省社联哲学社会科学重点研究基地，2个省级高端智库，8个省教育厅人文社科重点研究基地，1个省级管理科学研究基地，2个省文化厅文化艺术科学重点研究基地，1个省级软科学研究基地。

学校聚焦重大科研创新，优化组织模式，加强团队建设和梯队培养，不断提升创新能力。近5年来，获国家自然科学基金363项，其中重点4项。获国家社会科学基金178项，年度项目立项数位居全国高校50强，连续6年居全省第1位。学校共办有学术期刊5本，其中《金沙js3833官方版学报（自然科学版）》《金沙js3833官方版学报（哲学社会科学版）》《心理学探新》等3本刊物为“全国中文核心期刊”，《金沙js3833官方版学报（哲学社会科学版）》为CSSCI来源期刊，国际期刊《计算城市科学》（Computational Urban Science）被国际核心数据库EI收录。